更“快”的肿瘤新抗原的质谱鉴定技术概述

肿瘤细胞表面的MHC I能够呈递具有高度特异性的肽段，称为肿瘤新抗原(neoantigen)。由于在正常细胞中并不表达，因此这类肽段是肿瘤免疫治疗和肿瘤疫苗的理想靶点。

项目意义

1.能够直接鉴定被呈递到细胞膜表面的肽段；

2.能够鉴定到多种不同来源的突变肽段，比如由非正常的蛋白质翻译产生的肽段，由于蛋白酶体或剪接体功能缺陷而产生的异常拼接的肽段，发生翻译后修饰的肽段等。

技术流程

1. 提取与MHC I结合的肽段

1）弱酸洗脱（mild acid elution, MAE）: 在低pH值的洗脱液中，细胞表面与MHC I结合的肽段会游离到溶液中，从而被提取出来。整个过程中细胞没有被破碎，从而最大程度地避免了来自细胞内部的污染，同时这种方法实验步骤少，样品损失少，适合细胞数目较少的新鲜细胞；

2）免疫沉淀（immunoprecipitation, IP）: 将抗体固定在固相载体上，之后与细胞裂解液孵育，抗体会特异地结合MHC I，而其他不与抗体结合的蛋白则被移除，最后将与MHC I结合的肽段洗脱下来。相较于MAE，这一方法富集得到的肽段的特异性更强，得到的肽段数目也更多，但每次实验均需要消耗大量的抗体，实验步骤较多，样品损失较大，所以需要的细胞数目也较多，适用于冷冻细胞和实体肿瘤样品。

【客户可以根据样品类型，选择一种或者两种样品前处理方法，也可以咨询我们的售前团队，最终确定一种最优的样品处理方法，使得样品中的每一个细胞都能被充分利用。】

2. 质谱鉴定

样品前处理所得肽段经过Thermo Scientific Orbitrap Eclipse Tribrid高分辨率的质谱仪分析，可以得到大量高精度，高可信度的数据。

3. 数据分析

质谱数据最后经由我们公司独立研发的De novo测序平台分析，可以获得大量潜在的新抗原序列。该平台是基于公司总裁兼联合创始人马斌教授二十余年的科研成果开发完成的，能够有效的鉴定到含有各种突变类型的肽段。

技术优势

我们把肽段提取，质谱鉴定，数据分析中的每一个步骤都进行了深度的优化，最终整合成为一套标准操作流程。其中的技术亮点归纳如下：

1. 精心优化的实验流程：新抗原的丰度普遍偏低，因此我们优化了肽段提取过程中的相关步骤，在减少样品的损失的前提下，提高了肽段的富集效率；

2. 先进的设备：我们采用高分辨、高灵敏度的质谱仪对提取到的肽段进行分析，同时，根据这些肽段的特征，我们对质谱仪的参数进行了调整和优化，以提高肽段的鉴定率；

3. 独有的肽段从头测序技术：新抗原多是带有突变的肽段，其准确的氨基酸序列在公共的蛋白质数据库中是不存在的。我们独有的肽段从头测序技术从根本上解决了这个难题，该技术仅靠谱图就可以高效地鉴定出含有各种突变类型的新肽段，整个过程中完全不需要基因组或转录组测序的数据；

4. 系统性优化的数据分析软件：新抗原与传统蛋白质组学中产生的肽段有很大不同，后者多是胰蛋白酶（Trypsin）酶切之后的肽段，以赖氨酸（K）或者精氨酸（R）结尾。而新抗原则没有这种规律，这给数据分析带来了很大的困难。针对这种情况，我们对整个数据分析软件进行了定向的优化，以进一步提高肽段的鉴定率。

服务优势

1. 专业的售前团队：根据客户的样品类型和预期结果定制专业的项目方案和整体解决方案，让您感受到物超所值；

2. 专业的项目管理团队：从合同签订，样品寄送，到项目开展，再到结果交付都有项目经理与您对接，及时告知项目进展情况并解答您的疑问，沟通更顺畅，服务体验更优质；

3. 严格的质量控制团队：整个实验过程和数据分析都有专人严格把关，只有满足我们内部的质控标准才能出具项目报告；

4. 专业的售后服务团队：项目交付后，关于项目报告的任何问题，我们都有专业的人士为您解答；

5. 优秀的领导团队：我们公司各个团队的负责人都在各自领域拥有多年工作经验和超高的专业素养，从而保证能够以超高的标准完成每个项目，不辜负客户的信赖。

样品要求

1. 样品类型：癌症细胞系，组织样品

2. 样品量：细胞≥10⁷；组织≥200mg

交付标准

1. 交付时间：15个工作日

2. 交付内容：1）鉴定报告，包含所有鉴定到的肽段序列；2）分析报告，我们会对所有带有突变的肽段进行标注，并预测这些肽段是否会结合MHC I。

分析报告中的部分内容如上图所示：

左图为与MHC I结合的肽段的长度分布图，右图为这些肽段所拥有的序列特征（motif），这些结果与文献中发表的结论一致。上述结果均来自于我们公司独立产生的数据。