肿瘤新抗原质谱鉴定

技术优势

精心优化的实验流程

新抗原的丰度普遍偏低，因此我们优化了肽段提取过程中的相关步骤，在减少样品的损失的前提下，提高了肽段的富集效率

技术优势

先进的设备

我们采用高分辨、高灵敏度的质谱仪对提取到的肽段进行分析，同时，根据这些肽段的特征，我们对质谱仪的参数进行了调整和优化，以提高肽段的鉴定率

技术优势

独有的肽段从头测序技术

新抗原多是带有突变的肽段，其准确的氨基酸序列在公共的蛋白质数据库中是不存在的。我们独有的肽段从头测序技术从根本上解决了这个难题，该技术仅靠谱图就可以高效地鉴定出含有各种突变类型的新肽段，整个过程中完全不需要基因组或转录组测序的数据

01 精心优化的实验流程

02 先进的设备

03 独有的肽段从头测序技术

技术流程

1. 提取与MHC I结合的肽段：
1）弱酸洗脱（mild acid elution, MAE）: 实验步骤少，样品损失少，无需破碎细胞；
2）免疫沉淀（immunoprecipitation, IP）: 所得肽段的特异性更强，肽段数目也更多，但实验步骤多，样品损失较大，所以需要的细胞数目也较多。
2. 质谱鉴定：所有肽段经过高分辨率的质谱仪分析，得到大量高精度，高可信度的数据。
3. 数据分析：质谱数据经由我们公司独立研发的De novo测序平台分析，可以获得大量潜在的新抗原序列。

样品要求

≥10⁷个癌细胞
或≥200mg的组织样品

交付标准

交付时间：: 15个工作日

交付内容：

鉴定报告：包含所有鉴定到的肽段序列
分析报告：对所有带有突变的肽段进行标注，并预测这些肽段是否会结合MHC I。分析报告中的部分内容如图所示：左图为与MHC I结合的肽段的长度分布图，右图为这些肽段所拥有的序列特征（motif），这些结果与文献中发表的结论一致。上述结果均来自于我们公司独立产生的数据。